Mất rừng, thay đổi dòng chảy của sông chỉ để phục vụ 1 công trình thuỷ điện, làm ảnh hưởng hệ sinh thái rộng lớn là những câu chuyện khá phổ biến tại nhiều nơi có thủy điện.
Để đảm bảo cho nhu cầu năng lượng, việc phát triển thuỷ điện được cho là phù hợp với nhiều địa phương có tiềm năng trong lĩnh vực này. Tuy nhiên, việc phát triển quá nhiều các dự án thuỷ điện cũng đã gây ra nhiều hệ luỵ và đến nay, câu chuyện được, mất khi phát triển thuỷ điện là đề tài tranh cãi vẫn chưa có hồi kết. Thực tế đã có quá nhiều vấn đề nảy sinh từ những dự án thuỷ điện suốt hàng chục năm qua.
Theo thiết kế, nhà máy thủy điện Sêrêpốk 4A đã làm 3 cống xả ngay chân đập để trả nước lại cho môi trường với lưu lượng 27m3/giây. Nhưng thực tế, vẫn không thể nào phục hồi được lượng nước tự nhiên vốn có như trước đây, làm cho khoảng 20km sông Sêrêpôk bị thiếu hụt nước vào mùa khô.
Bên cạnh đó, kể từ khi kênh xả của thủy điện Sêrêpốk 4A xây dựng xong, cứ vào mùa mưa, khi các thủy điện xã lũ, một lượng lớn nước sẽ chảy về đây khiến hàng chục ha đất canh tác của những hộ dân tại buôn E Ma, xã Krông Na, huyện Buôn Đôn, tỉnh Đắk Lắk bị ngập sâu, ảnh hưởng đến năng suất cây trồng.