Mặc dù đã hoàn tất thanh tra, kiểm tra hoàn thuế Giá trị gia tăng (VAT) nhưng nhà đầu tư Nhật Bản ở Tp.HCM mãi vẫn không nhận được phần thuế được hoàn. Trong khi đó, các doanh nghiệp thủy sản vẫn đang chờ gỡ vướng thủ tục hoàn thuế đối với các dự án đầu tư mới khiến cho họ gặp áp lực lớn về dòng tiền và gánh nặng lãi suất.

Trong buổi đối thoại mới đây với lãnh đạo UBND Tp.HCM, ông Onose Takahisa, Phó chủ tịch kiêm Trưởng ban Thuế & Hải quan thuộc Hiệp hội Doanh nghiệp Nhật Bản tại Tp.HCM (JCCH), cho biết những hạn chế, vướng mắc về hoàn thuế VAT vẫn còn là mối bận tâm cho DN thành viên của JCCH. 

Ảnh hưởng đến khả năng xoay vòng vốn

Dẫu biết trường hợp hoàn thuế của DN khá phức tạp nên khó có thể giải quyết trong sớm chiều, nhưng ông Onose Takahisa cho rằng sự chủ động của cán bộ phụ trách của cơ quan thuế trong việc tra soát, hỗ trợ, hướng dẫn cho DN các chứng từ, thủ tục cần thiết là rất quan trọng.

Vướng mắc trong thủ tục hoàn thuế VAT cho DN sản xuất cần được ngành thuế giải quyết nhanh hơn, hợp lý hơn.

Theo nội dung kiến nghị của JCCH về vấn đề hoàn thuế VAT cho các DN Nhật Bản, vẫn còn rất nhiều ý kiến từ DN cho biết thủ tục hoàn thuế VAT bị kéo dài và mãi không hoàn tất được. Đặc biệt là các trường hợp: Thanh tra, kiểm tra hồ sơ hoàn thuế kéo dài, cán bộ phụ trách thay đổi dẫn đến DN phải giải trình đi giải trình lại nhiều lần.

“Mặc dù đã hoàn tất thanh tra, kiểm tra hoàn thuế nhưng cán bộ phụ trách vẫn yêu cầu cung cấp thêm chứng từ, DN mãi vẫn không nhận được phần thuế được hoàn...Việc hoàn thuế VAT bị trì trệ khiến cho khoản thuế VAT được hoàn của DN bị tích lũy dần ngày càng lớn và ảnh hưởng nghiêm trọng đến khả năng xoay vòng vốn của DN. Vì vậy mong cơ quan thuế sớm cải thiện, đẩy nhanh thủ tục hoàn thuế này”, phía JCCH nêu rõ.

Từ phản ánh nêu trên, cũng nên nhắc đến trường hợp cụ thể như Công ty TNHH Chori Việt Nam (một DN Nhật Bản, hoạt động chính là bán buôn tổng hợp) trong lần đối thoại chính sách cách đây 3 tháng giữa Liên minh Diễn đàn Doanh nghiệp Việt Nam (VBF) với UBND Tp.HCM.

Theo đó, công ty này đã nộp hồ sơ hoàn thuế VAT và nhận được thông báo chấp nhận Hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau vào ngày 17/11/2023. Tuy nhiên, đến gần 1 năm kể từ ngày thông báo, cơ quan thuế vẫn chưa giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT của công ty, làm ảnh hưởng đến dòng tiền của DN lên đến hàng chục tỷ đồng. 

Cụ thể hơn nữa, trong quá trình làm việc, Cục Thuế Tp.HCM đã yêu cầu Công ty Chori Việt Nam cung cấp một số tài liệu và thông tin về việc vận chuyển cho tất cả các giao dịch xuất/nhập khẩu (như thông tin đơn vị vận chuyển, thông tin tài xế, số chứng minh nhân dân, loại xe, số hiệu xe, trọng tải, nơi nhận hàng, nơi giao hàng…) để xác thực các giao dịch mua bán.        

Và việc cung cấp chứng từ thông tin liên quan đến vận chuyển hàng hóa theo yêu cầu của Cục Thuế Tp.HCM được cho là tốn rất nhiều thời gian nhưng lại không thực hiện được đối với những thông tin mà công ty này không có trách nhiệm lưu trữ và cũng không thể lấy từ các đơn vị vận chuyển. Do đó, việc yêu cầu công ty phải cung cấp các chứng từ này, theo phản ánh từ đại diện nhóm Thuế & Hải quan của VBF, là không hợp lý và phù hợp với thực tiễn hoạt động của DN.

Chính từ việc chậm trễ trong xử lý hồ sơ hoàn thuế của Công ty Chori Việt Nam đã gây ảnh hưởng lớn về dòng tiền của họ (số tiến thuế VAT bị tồn đọng lớn, lên đến gần 98 tỷ đồng) trong khi tình hình hoạt động kinh doanh của công ty gặp rất nhiều khó khăn. 

Vướng mắc với các dự án đầu tư mới

Còn với các DN thủy sản, trong báo cáo của Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản (Vasep) vào thượng tuần tháng 12/2024 gửi đến Tổ Công tác Cải cách Thủ tục Hành chính của Thủ tướng Chính phủ và Hội đồng Tư vấn Cải cách Thủ tục Hành chính, đã nêu rõ các vướng mắc về thủ tục hoàn thuế VAT đối với các dự án đầu tư mới.

Như lưu ý của Vasep, văn bản pháp luật ra sau chưa rõ ràng so với văn bản hướng dẫn khác và chưa phù hợp với thực tế của hoạt động hoàn thuế, dẫn đến tồn đọng thuế VAT mua sắm tài sản cố định của dự án đầu tư mới không được hoàn.

Theo đó thuế VAT đầu vào của xây dựng, mua sắm tài sản cố định của các DN xuất khẩu thủy sản để đầu tư đều được hiểu là “mới” xét theo tính chất của việc mua sắm và hoạt động sản xuất kinh doanh phát sinh từ các khoản đầu tư này. Tuy nhiên, một số Cục thuế đang ngưng hoàn thuế VAT đầu vào của hoạt động đầu tư do dựa vào định nghĩa “dự án mới” theo Luật Đầu Tư số 61/2020/QH14 ngày 17/6/2020, cụ thể tại Khoản 6 Điều 3: “Dự án đầu tư mới là dự án đầu tư thực hiện lần đầu hoặc dự án đầu tư độc lập với dự án đầu tư đang hoạt động.”

Từ việc dựa vào định nghĩa trên, một số Cục thuế địa phương khẳng định không thể thực hiện hoàn thuế cho những dự án đã đi vào hoạt động và có đầu tư mới thêm vào.

Theo Vasep, vì vướng do cách diễn giải luật mâu thuẫn giữa pháp luật về thuế và đầu tư nêu trên, một số DN thủy sản tồn đọng nhiều chục tỷ đồng thuế GTGT đầu vào của các dự án đầu tư. Do đó, các DN đã kiến nghị với cơ quan thuế địa phương được hoàn theo tỷ lệ doanh thu XK và theo kỳ quyết toán thuế.

“Với phương thức hoàn này, các DN sẽ thiệt thòi vì khoản hoàn sẽ được tính theo tỷ trọng của XK trên tổng doanh thu, nhưng vì khoản tồn đọng quá lâu nên DN cũng chấp nhận để có thể giải phóng dòng tiền cho sản xuất kinh doanh”, báo cáo của Vasep nêu rõ.

Tuy nhiên, cơ quan thuế địa phương vẫn không chấp nhận hoàn thuế vì khi khai thuế VAT đầu vào, các DN thủy sản đã chọn hoàn thuế vào hạng mục đầu tư. Như thế, khoản thuế VAT đầu vào đúng luật, hợp lý và chính đáng từ chính hoạt động đầu tư, tạo ra doanh thu và lợi nhuận hợp pháp của DN tiếp tục bị dừng hoàn mà chưa có giải pháp từ cơ quan thuế.

Bên cạnh đó, Vasep còn cho biết một số cơ quan thuế địa phương vừa qua đã dừng hoàn thuế cho dự án mới đầu tư chỉ vì lý do DN bắt đầu có phát sinh doanh thu với diễn giải là dự án đã hoàn tất, DN đã đi vào hoạt động.

Như chia sẻ của ông Trương Đình Hòe, Tổng thư ký Vasep, qua tìm hiểu của Hiệp hội và DN thành viên, hiện nay không có quy định pháp luật nào định nghĩa khi phát sinh doanh thu nghĩa là dự án đã hoàn tất. Theo thực tiễn và quy định của pháp luật thuế, một dự án đầu tư, đặc biệt là những dự án mới hoàn toàn, đều có giai đoạn cân chỉnh, hoàn thiện máy móc thiết bị, hoạt động sản xuất cho đến khi đi vào ổn định.

“Như vậy, pháp luật về thuế không có quy định rằng thuế VAT đầu vào của dự án sẽ ngưng hoàn khi DN đi vào hoạt động và hoàn toàn cho phép hoàn trong giai đoạn dự án tiếp tục hoàn thiện các hạng mục đầu tư khác nhau”, phía Vasep nhận định.

Trước vướng mắc như nêu trên, Vasep kiến nghị Bộ Tài chính sớm xem xét, ban hành văn bản hướng dẫn thống nhất về hoàn thuế VAT để các Cục thuế địa phương nhanh chóng thực hiện hoàn thuế VAT đầu vào của dự án đầu tư đang còn tồn đọng. Bởi lẽ, việc tồn đọng số lượng thuế VAT đầu vào chưa được giải quyết hoàn do vướng trong diễn giải, vận dụng luật chưa được thống nhất giữa các hệ thống pháp luật và giữa các cơ quan thuế địa phương khác nhau đã và đang gây áp lực lớn về dòng tiền và gánh nặng lãi suất cho các DN.

Thế Vinh-Link gốc